倒置荧光显微镜采用物镜朝上的设计以便从标本的下方进行观察，因此被广泛地应用于生物医药实验室。该设备用于微生物、细胞、细菌、组织培养、悬浮体、沉淀物等的观察，可连续观察细胞、细菌等在培养液中繁殖分裂的过程，查看培养细胞的生长状态，荧光蛋白的表达情况，并可将此过程中的任一形态拍摄下来。 倒置荧光显微镜可进行明场、荧光、相差、DIC、浮雕相衬等观察方式，满足此领域多样性的研究手段。